DNA-testaamisesta

1. Kuinka DNA-testaus tapahtuu?

Perinnöllisyystutkijat löysivät pieniä alueita Y-kromosomista ja mitokondriosta jossa DNA ei sisäisesti jälleenyhdisty ja joka muuntuu hyvin hitaasti. Kyseisten alueiden markkerit siirtyvät sukupolvelta toiselle sukupuolen mukaan (isältä pojalle = isälinja jne.).

2. Mitä DNA voi kertoa minulle?

Testattavan henkilön tuloksia verrataan tietokannassa oleviin valmiisiin tuloksiin, jolloin sukulaisuus voidaan todentaa. Joillakin testaavilla yrityksillä testin lisänä tulee tieto etnisestä taustastasi. Ensimmäiset 12-markkeria ovat lähinnä ”varhaisten sukujuurien” merkkejä, joka voi tuottaa positiivisen tuloksen useiden sukunimien välillä. Tällaiset löydökset yleensä kertovat siitä että esivanhempasi ovat periytyneet yhteisestä kantaisästä ennen sukunimien käyttöönottoa.

3. Voiko Y-kromosomi jälleenyhdistyä X-kromosomin kanssa?

Y-kromosomi jälleenyhdistyy kärjestään (telomeereistään), mutta Y-DNA testit tehdään kromosomin osasta joka ei jälleenyhdisty. Siksi testi on niin luotettava.

4. Mitä jos näytteeni ei vastaan ketään tietokannassanne?

Joskus sinun tulee olla kärsivällinen. Yhä useampi henkilö ymmärtää sukuhistoriallisen perimätiedon testauksen merkityksen ja ajan mittaan tietokanta kasvaa. FamilyTreeDNA-yritys on testannut jo 500.000 ihmistä vuoden 2000 jälkeen ja esimerkiksi SuomiDNA-projektissa on jo yli 1400-ihmistä testattuna.

5.  Pitääkö minun kaivaa esi-isäni ylös haudasta saadakseni hänen DNA:nsa?

Ei pidä. Operaatio on kallis ja erittäin byrokraattinen sekä aiheuttaa kaikenlaisia sosiaalisia ongelmia. Koska Y-kromosomi jatkuu koko isälinjan lähes muuntumattomana, lähellä oleva tulos toisen miespuolisen henkilön kanssa johtaa yhteisen esi-isän löytämiseen. Sinulla tulee olla miespuolinen sukulainen samassa suvussa tehdäksesi testin.

6. Minulla on esipolvitaulu (sukupuu), kuinka määrittelen yhteisen esi-isän?

Mitä enemmän ihmiset testaavat ja saavat tuloksia sukunimiprojektissa, sitä enemmän tietoa on saatavilla. Mutaatiot pois lukien, esi-isiltä peritty allekirjoitus (haplotyyppi) alkaa olla paljastettu. Toivottavasti jollakin toisella projektissa on perinteinen paperiversio sukuhistoriasta auttamaan esipolvitaulusi ratkaisua.

7. Mikä testi minun tulisi ottaa?

Vastaus riippuu tavoitteistasi ja rahatilanteestasi. Jos tavoitteesi on löytää lähin sukuhistoriallinen yhteensopivuus, erityisesti tapauksessa esipolvitaulun perintölinjassa, aloita testillä jossa on eniten markkereita. Jos taloutesi ei kestä muutaman sadan euron testausta, valitse tällöin vähiten markkereita sisältävä testi ja tilaa lisäanalyysejä myöhemmin (analyysit tehdään aiemmista näytteistä, joita esim. FamilyTreeDNA säilyttää ilmaiseksi 25 vuotta ja voit hyödyntää niitä myöhemmin esim. sairauksien tutkimisessa).

8. Tehdäänkö DNA-testi verinäytteestä?

Ei tehdä. Useimmat testiyhtiöt käyttävät pumpuli/huopapuikkoa, jolla otetaan näyte poskesta joka laitetaan postin välityksellä testattavaksi (3 näytettä 4-5 tunnin välein).  Katso esimerkki.

9. Vaikuttaako kemoterapia tai säteily DNA-tuloksiin?

Syöpähoidot eivät näytä vaikuttavan DNA-tuloksiin, mutta on suositeltavaa odottaa muutama kuukausi syöpähoidon jälkeen ennen testin suorittamista.

10. Voidaanko DNA-näytettä käyttää minun kloonaamiseeni?

Ei voida.

Alleeleista, Markkereista ja Mutaatioista

11. Kuinka testaajat päätyvät numeroimaan alleelit ja miksi jotkut ovat matalia ja toiset korkeita?

Markkerit numeroidaan löytäjänsä mukaan. Numeroarvo kertoo siitä miten useasti DNA-koodi toistaa itseään kyseisessä markkerissa. Esimerkiksi, jos toistuva koodi on CAT, eli esimerkiksi CATCATCATCAT, silloin numeroarvo on 4. Toistuva koodi voi lisääntyä tai vähentyä sen mukaan miten mutaatio tekee koodista kopion (esim. CATCATCATCATCAT) tai poistaa kopion (CATCATCAT). Se, miksi joissakin markkereissa on vähemmän toistoa kuin toisissa, ei ole tätä nykyä tiedossa.

12. Mikä ero on markkereilla ja geeneillä?

Markkerit ovat välttämätöntä DNA-tilkettä geenien välillä.

13. Mikä merkitystä on geneettisesti hitaasti siirtyvien ja nopeasti siirtyvien markkereiden välillä?

Erot hitaasti ja nopeasti siirtyvien markkereiden välillä tarkoittaa sitä miten usein mutaatio tapahtuu. Koska nopeasti siirtyvät markkerit ovat todennäköisimpiä mutaatioille, voimme odottaa mutaation tapahtuneen lähiaikoina. Hitaasti siirtyvät markkerit mutatoituvat epätodennäköisimmin, eli jos markkeri mutatoituu, näkyy tulokset useamman sukupolven välillä. Toki mikä tahansa mutaatio voi tapahtua milloin tahansa, mutta todennäköisyys on hitaasti siirtyvillä markkereilla pienempi. Jos henkilön A ja B välillä on mutaatio nopeasti siirtyvissä markkereissa ja henkiöiden C ja D välillä mutaatio on hitaasti siirtyvissä markkereissa, tuolloin meidän ennusteemme siitä milloin yhteinen esi-isä on elänyt on nuorin A:lle ja B:lle kuin C:lle ja D:lle.

14. Onko olemassa kaikenkattavaa testiä nyt, tai lähitulevaisuudessa, jonka miespuolinen henkilö (Y-DNA testi) tarvitsee tehdä?

On olemassa noin 60 miljoonaa kantaa joista noin 23 miljoonaa on jaksotettu. Äitilinjassa (mtDNA) kaikki 16,569 kantaa on jaksotettu. Y-Chromosome Consortium pitää sisällään listan kaikista julkaistuista markkereista ja alkuperästä. Mitä hyötyä on uusista markkereista sukuhistorian tutkimukselle jää nähtäväksi.

15. Koska alle puolet Y-kromosomista on jaksotettu, tarkoittaako tämä sitä että emme tiedä miten verrata sitä toisiin DNA:n osiin?

Todennäköisesti Y-kromosomin loppuosaa ei voida koskaan jaksottaa. Tätä kutsutaan heterokromatiiniksi (kromatidi jolla on poikkeava tiheys), jolla on erittäin toistuva DNA-täyte joka näyttää olevan tiiviisti sitoutunut koko ajan (eli DNA:ta ei koskaan käytetä valkuaisen tuottamiseen). Ei ole kovinkaan motivoivaa tutkia loppuosaa, koska se on todella vaikeata ja hyöty on olematon.

16. Olen lukenut että isän ja pojan markkerit voivat poiketa 12-markkerin testissä. Onko tämä jokin tietty markkeri?

Mutaatiot voivat tapahtua satunnaisesti ja missä tahansa markkerissa, tosin jotkin markkerit mutatoituvat todennäköisemmin kuin toiset (hitaat vs. nopeat). Tuloksissa ne markkerit, jotka on määritetty nopeasti mutatoituvaksi, on merkitty punaisella. Normaalisti mutaatio tapahtuu laskennallisesti kerran kahdessasadassa sukupolvessa. Nopeat mutaatiot tapahtuvat n. kerran sadassa sukupolvessa. Sukupolven laskennallinen ikä on 25-vuotta.

17. Onko tiettyjen markkereiden mutatoitumisella jotain merkitystä?

Toiset markkerit ovat todennäköisempiä mutaatioille kuin toiset ja se mikä markkeri mutatoituu voi vaikuttaa laskelmiin siitä kuinka lähisukulaisia testattavat yksilöt ovat. Yleisesti ottaen mutaatio tapahtuu kerran kahdessasadassa (200) sukupolvessa laskennallisen sukupolven ollessa 25-vuotta. Tarkemmin eri alleelien mutaatioista tässä linkissä.

18. Kuinka monta virhettä voidaan olettaa olevan veljesten välillä ja ensimmäisten serkkujen välillä isälinjassa? 12 markkerissa? 37 markkerissa?

Voit olettaa veljesten ja ensimmäisten serkkujen välillä olevan täysin samat 37 markkeria, mutta on mahdollista että mutaatio on tapahtunut juuri kyseisessä sukupolvessa jolloin pieniä eroja voi löytyä.

19. Kuinka DNA-laboratorio voi kertoa missä markkeri 391 alkaa näytteessä jotta he voivat laskea toistuvuuden ja mihin markkeri loppuu? Onko olemassa jokin osoitin joka kertoo että markkeri on DYS391 eikä joku muu?

Jokainen markkeri sijaitsee tietyssä kohtaa Y-DNA:ta. Kun markkeri on löydetty ja työstetty, tutkija toimittaa myös indikaattorin joka pystyy paikallistamaan markkerin alun. Laborantti voi tällöin laskea koodin toistumisen alusta lähtien.

20. Onko mahdollista määrittää minkä X-kromosomin sain isältäni?

Ei ilman suurta määrää lisäinformaatiota. Kun DNA:si on analysoitu, saat kaksi tulosta (alleelit) jokaisesta markkerista, mutta on mahdotonta kertoa mikä alleeli tuli isältäsi. Jos voit analysoida isäsi DNA:n, saat vastauksen välittömästi. Jos et voi analysoida isäsi DNA:ta, mutta sinulla on paljon siskoja, voit mahdollisesti päätellä mikä alleeli tuli isältäsi. Kaikilla siskoillasi tulee olla sama alleeli isältäsi, mutta äitisi voi siirtää yhden hänen kahdesta alleelistaan, eli tuloksena on satunnainen efekti: voit saada tai olla saamatta vastaavuutta siskoihisi äitilinjan kautta.

Mitokondrionaalinen DNA (mtDNA)

21. Liittyen mtDNA-testini tuloksiin, sain tuolokseeni mutaation CRS16519C? Olenko oikeassa olettaessani että T numeron edessä on CRS (Cambridge Reference Sequence) näyte?

Kyllä, CRS käyttää T:tä tällä kohtaa. Mutaatio 16519 on todella yleinen muutamissa haploryhmissä, eli se on ”hotspot” – kohta joka on mutatoitunut itsenäisesti muutamia kertoja. Tätä kutsutaan rinnakkaiseksi mutaatioksi.

22. Ovatko CRS-jakson numerot 10,343 ja 12,564 vanhempia kuin markkeri numerolla 16,999?

Ei, ne eivät ole vanhempia eikä nuorempia. Numerot viittaavaat mtDNA:n jaksoon, eli toisin sanoen, numerot kertovat tarkasti missä mtDNA:n nukleotidissä mutaatio sijaitsee. mtDNA sisältää 16,569 paria (tai nukleotidiä, tai yksinkertaisemmin DNA-koodimerkkiä), eli nukleotidit ovat numeroita 1:stä 16569:n.

Tulosten vertailua ja paperilla olevien sukutietojen vertailua

23. Miksi on niin tärkeää testata vähintään kolme ihmistä kullakin linjalla?

Tämä siksi että voimme muodostaa esi-isiltä perityn haplotyypin ja voimme pois sulkea isälinjaan liittymättömät tapahtumat (NPE). Tämä on erityisen tärkeää esimerkiksi silloin kun testaajat vaativat tietää periytyvätkö he kuuluisasta henkilöstä.

24. Mitä tulisi tehdä sen jälkeen kun minut on testattu … miten voin käyttää tietoa hyväkseni paikallistaakseni paperilla olevia sukutietoja? Mitä muita testejä voidaan tehdä asian helpottamiseksi? Pitääkö minun testata toinen sukuhaara … miten se auttaa?

Jos sinulla ei ole tulosta joka osoittaa sukulaisuutta, tuolloin sinun tulee odottaa uusia tuloksia. Jos sinulla on tulos, ota yhteys kyseiseen henkilöön jolla voi mahdollisesti olla paremmat paperilla olevat tiedot sukuhistoriasta. Testaa useilla markkereilla parantaaksesi testituloksen vastaavuutta. Toisen sukuhaaran testaaminen voi olla hyödyllistä mutaatioiden löytämiseksi.

25. Mitä tarkoittaa jos saan tulokseksi esimerkiksi "Genetic distance -2"?

Arvo tarkoittaa sitä, että joko yksi DYS-arvo poikkeaa vertailtavasti kahdella (eli toistoja kaksi vähemmän) tai sitä että kaksi eri DYS-arvo poikkeaa yhdellä. Näet ajantasaiset tiedot joko sukunimiprojektin sivuilta tai SuomIDNA-sivuilta.

Haploryhmät (linkki englanninkieliseen dokumenttiin)

26. Isäni Y-DNA haploryhmä on R1b. Hänen tyttärenään, tarkoittaako tämä sitä että minunkin haploryhmä on R1b?

Ei. Koska olet nainen, isäsi ei antanut sinulle hänen Y-kromosomiansa (muutoin olisi mies, koska ”Y” tarkoittaa miespuolista). Isäsi ei myöskään antanut hänen mtDNA:sa sinulle koska saat mtDNA:si äidiltäsi. Miesten ja naisten haploryhmät poikkeavat toisistaan.

27. Haploryhmäni on ennustettu olevan R1b, mutta myös Q tulee esille. Tarkoittaako tämä sitä että olen Amerikan Alkuperäiskansan (intiaanit) jälkeläinen?

Ei. On mahdollista että kaksi toisistaan riippumatonta tulosta sisältävät mutaatioita tai muutoksia menneisyydessä joka saa tuloksen näyttämään läheisemmältä kuin oikeasti onkaan. Jos haploryhmäsi on R1b, silloin et jaa yhteistä esi-isää kymmeniin tuhansiin vuosiin henkilön kanssa jolla on haploryhmä Q. Jos missä tahansa muualla sukuhistoriassasi on Amerikan Alkuperäiskansalainen, testi ei voi tätä löytää.

28. Tarkoittaako viimeinen lause edellisessä vastauksessa sitä että jos Amerikan Alkuperäiskansalainen ei ole suorassa periytymislinjassa, eivät Y-DNA ja mtDNA testit voi tätä löytää?

Kyllä, testi ei voi tätä löytää ellei henkillö ole suorassa isä-isä-isä-isä linjassa. Haploryhmä kyseisessä linjassa ei ole voinut muuntua Q:sta R1b:hen. Jos sukuhistoriassa on Amerikan Alkuperäiskansalainen, jolla on haploryhmä Q, mutta ei ole suorassa isälinjassa, Y-DNA testi ei löydä kyseistä henkilöä ollenkaan.

29. Mitä tarkoittaa ”+” tai ”-” merkinnän P40 jälkeen? Esimerkkinä olen nähnyt P40- ja P40+ merkintöjä.

Merkintä ”+” tarkoitta sitä että testituloksesi on positiivinen kyseiselle SNP (Single Nucleotide Polymorphism) mutaatiolle ja ”-” tarkoittaa sitä että tulos on negatiivinen kyseiselle markkerille. P40 on markkerin nimi.

30. Tarkoittaako P40- sitä ettei P40 markkeria löytynyt ollenkaan vai tarkoittaako se sitä että P40 esiintyi mutta siinä ei ollut kaavan/kuvion toistoja?

Markkeri P40 on yksittäinen nukleotidi Y-kromosomissa joka esiintyy kahdessa tilassa … alkuperäinen tila (esimerkiksi C) ja mutatoitunut tila (esimerkiksi T). Sillä ei ole kooditoistoa. Se on yksittäinen nukleotidinen monimuotoisuus, eli SNP (lausutaan ”snip”). Jos testattu mies osoittautuu positiiviseksi alkuperäiselle C-arvolle SNP:ssä, hän on tuolloin P40-. Jos hänellä on mutatoitunut arvo T SNP:ssä, hän on tuolloin P40+.
Toistuvat kaavat liittyvät YSTR-markkereihin, eivät SNP-markkereihin. YSTR markkerit sisältävät monia nukleotidejä peräkkäin kuten GATAGATAGATAGATA mikä tarkoittaa neljää GATA-kaavan/kuvion toistoa nukleotidissä.

31. Mistä voin tarkastella Haploryhmien levinneisyyttä?

Voit tarkastella niitä esimerkiksi englanninkielisessä dokumentissa täällä tai SuomiDNA:n sivuilta tässä linkissä.

Kääntänyt, täydentänyt ja päivittänyt Jari Hiltunen 24.09.2009.